DOTMA（Cl盐）, 1,2-双十八烯氧基-3-甲基铵丙烷（氯盐）由两条油酸（C₁₈:₁，顺式-9-十八烯酸）脂肪链，赋予分子良好的膜融合性和稳定性。

双疏水链的分子设计，

DOTMA分子由两条油酸（C₁₈:₁，顺式-9-十八烯酸）脂肪链构成，这种双链结构赋予其物理化学性质：膜融合性：两条疏水链的排列方式使其在水中可自组装形成脂质双层或囊泡结构（脂质体），能够与细胞膜发生融合，促进内容物释放。稳定性：油酸链中的顺式双键（C₉-C₁₀）引入了分子柔韧性，同时保持了脂质体的机械强度，避免在生理条件下解体。

三甲基铵（TMA）基团的电荷效应

正电荷特性：TMA基团在生理pH下带正电荷，通过静电相互作用与带负电的核酸（如DNA、RNA）形成稳定的复合物（Lipoplex）。TMA基团的电荷密度适中，既能高效结合核酸。

氯化物盐的增效作用氯离子（Cl⁻）作为反离子，中和TMA基团的正电荷，增强DOTMA在水相中的溶解性，便于脂质体制备。氯盐形式减少了TMA基团的水解风险，延长了DOTMA的储存寿命。

相变温度（Tm）的调控

DOTMA的Tm约为-10°C至-20°C（具体值受脂质组成影响），远低于生理温度（37°C）。在生理条件下，脂质体膜保持高度流动性，促进膜融合和内容物释放，提高转染效率。