Cy3.5 是一种氰基染料，其分子结构中含有的共轭体系及特定官能团，决定了它光学性质。其发射光谱介于 Cy3 和 Cy5 之间，这一特性使它特别适合在近红外区域进行荧光成像。Cy3.5 - NHS 作为其活性酯形式，激发波长通常在 500 - 550 纳米之间，发射波长则在 570 - 670 纳米之间。在生物样本成像时，较长的激发和发射波长具有优势。生物组织对该波段光的吸收和散射相对较弱，从而减少了背景干扰。这使得 Cy3.5 - NHS 标记的样本能够呈现出高对比度的图像，清晰地区分目标物与背景，极大提高了成像的清晰度和准确性。此外，Cy3.5 具有较高的荧光量子产率，意味着吸收光子后能高效地转化为荧光发射，产生较强荧光信号。其良好的光稳定性保证了即使在长时间观测下，分子内化学键和共轭结构能抵御光子能量冲击，保持稳定的荧光性能，持续提供高质量的成像效果。基于这些特性，Cy3.5 - NHS 在细胞追踪、蛋白质定位、疾病诊断等生物医学研究场景中成为不可或缺的荧光标记工具。